Фамилия Килунова — женская форма фамилии Килунов, которая в основе своей имеет прозвище или мирское имя Килун. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать корень «кил-», который в русских говорах многозначен и не всегда очевиден.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «кила» — так в старину называли грыжу, опухоль или шишку. В переносном смысле «килой» могли прозвать человека с заметной физической особенностью (например, с большим зобом или грыжей) либо, что реже, — сварливого, «больного» на язык человека, от которого «кипит». Суффикс «-ун» в прозвище Килун типичен для характеристики человека по действию или признаку (ср. говорун, бегун, крикун). Таким образом, Килун — это «тот, у кого кила» или «килящий», то есть проявляющий некое качество, связанное с этим корнем.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — от тюркского имени Кильун или Килун (где «кил» — «приходи»), которое могло попасть в русскую среду через татарские или башкирские контакты. Однако для русской фамилии с суффиксом «-ов/-ун» тюркская основа менее характерна, и диалектное объяснение выглядит убедительнее.

Модель образования проста: прозвище Килун + патронимический суффикс «-ов» (Килунов), который в женском роде даёт окончание «-а». Фамилия редкая и географически привязана в основном к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Архангельской губерниям, где слово «кила» было в ходу. Встречается также в Сибири, куда переселенцы унесли прозвище с собой.

В сословном плане Килуновы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не дворянская и не купеческая — такие прозвища давали в среде, где внешность или характер были заметнее происхождения. Сравните с однокоренными фамилиями: Килов, Килевой, Килушкин — все они восходят к тому же корню, но Килунов выделяется именно суффиксом «-ун», который делает прозвище более «действенным» и личностным.

Итог: фамилия Килунова говорит о предке, которого в деревне знали по прозвищу Килун — вероятно, из-за болезни или особенности, а может, и из-за неуживчивого нрава. Точнее сказать нельзя без конкретных записей, но ясно одно: корень здесь русский, диалектный, и фамилия эта — из числа тех, что не придуманы в канцелярии, а родились в живой речи.