Фамилия Килунин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с речью, а не с профессией или внешностью. Она образована по стандартной русской модели: к основе «Килун» добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Килуна). Само же слово «килун» — это диалектное, прежде всего северное и сибирское, прозвище для человека с заметным дефектом речи.

В русских говорах «кила» или «килун» называли заику. Человек, который «килит» — то есть говорит с запинкой, с трудом выталкивает слова, — получал такое прозвище в деревне. Оно не обязательно было обидным: в крестьянской среде прозвища давали по самой яркой, бросающейся в глаза особенности. Заикание — одна из таких черт, которую трудно не заметить. Слово «кила» в этом значении фиксируют диалектные словари, в частности, для архангельских и вологодских говоров.

Менее вероятная, но теоретически возможная версия — связь с тюркским корнем «кил» (приходи, прибывай) или с именем Килун, которое могло быть прозвищем пришлого человека. Однако для фамилии Килунин, бытующей преимущественно в русских регионах (особенно в Поволжье и на Урале), объяснение через диалектное «килун»-заика выглядит гораздо убедительнее. Тюркская версия не подкреплена географией фамилии.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не встречается. Суффикс -ин указывает на то, что предок Килуниных был человеком незнатного происхождения — крестьянином или посадским. Такие фамилии на -ин обычно закреплялись за целым родом, где главу семьи знали не по имени, а по прозвищу.

Таким образом, Килунин — это «сын заики», и фамилия эта — не про карьеру или место жительства, а про живую человеческую черту, которую в старину не скрывали, а превращали в родовое имя.