Фамилия Килунина — женская форма фамилии Килунин, а та, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Килун. Чтобы понять корень, стоит присмотреться к диалектной лексике. В северных и сибирских говорах, особенно в архангельских, словом «кила» называли грыжу, опухоль или нарост. Отсюда «килун» — человек, страдающий такой болезнью, либо тот, кого за характер или внешность прозвали «грыжей» (в переносном, грубоватом смысле). Версия не слишком лестная, но для русских фамилий, образованных от физических недостатков или болезней, это обычное дело — вспомните Горбунов, Косоруков, Хромов.

Есть и другой вариант, более редкий. В некоторых говорах «кила» означала не только болезнь, но и шишку, выпуклость на дереве, или даже кочку на болоте. Тогда Килуном могли прозвать человека коренастого, плотного, с крепкой фигурой — «как кила». Оба толкования укладываются в модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Килунин), то есть предок носителя фамилии был сыном Килуна.

С географией у фамилии всё определённо. Килунины — редкая фамилия, но её очаг находится на Русском Севере, в Архангельской области и соседних районах Карелии. Встречается также в Вологодской и Кировской областях, что подтверждает севернорусское происхождение. В центральных и южных регионах России эта фамилия практически не фиксируется.

С точки зрения социальной истории, Килунины, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей. Север России не знал крепостного права в его жёсткой форме, поэтому фамилия могла закрепиться раньше, чем в помещичьих губерниях — уже в XVI–XVII веках. Никаких дворянских родов с этой фамилией в исторических источниках не значится. Если вы ищете информацию о своих предках, стоит обратить внимание на метрические книги Архангельской губернии, особенно по Пинежскому, Холмогорскому или Шенкурскому уездам.