Фамилия Колунина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Колунин. Чтобы понять корень, нужно смотреть на слово «колун». Так на Руси называли тяжёлый плотницкий топор для раскалывания брёвен, а в переносном смысле — человека грубого, резкого или неуклюжего. Прозвище Колун могли дать либо плотнику, либо тому, кто «рубит сплеча» — говорит и действует напрямик, без дипломатии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колунин — это «сын Колуна» или «человек из семьи Колуна». Такая модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются на юге и востоке, Колунин — показатель именно русского, а не украинского или белорусского происхождения.

Интересная деталь: фамилия Колунин не так редка, как может показаться, но её смысловой двойник — Топоров — встречается чаще. Это говорит о том, что прозвище Колун было более локальным, диалектным. В некоторых говорах «колуном» называли не только топор, но и упрямого, несговорчивого человека — отсюда возможна вторая, психологическая, версия прозвища.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Кировской областям — регионам, где плотницкое дело и лесные промыслы были основой жизни. Предки современных Колуниных скорее всего были не дворянами, а крестьянами или ремесленниками, чьё ремесло или характер дали родовое имя.

В написании фамилии нет сложных буквосочетаний, но ударение обычно падает на второй слог — Колу́нин, хотя в некоторых семьях сохраняется местный говор с ударением на «у» — Колуни́н. В документах XIX века можно встретить вариант «Калунин» — это следствие аканья, когда безударное «о» произносилось как «а», и писарь записывал на слух.