Фамилия Кислунова — это женская форма фамилии Кислунов, и её происхождение стоит искать не в «кислом» вкусе, а в прозвище или даже в географическом названии. В основе лежит слово «кислый», но в русской ономастике оно редко означало характер человека (хотя такое тоже возможно). Чаще всего прозвище Кислый давали либо тому, кто имел дело с квашением и засолкой (например, делал квас или солил капусту), либо человеку, который жил у кислого родника или болота — «кислый» в диалектах нередко обозначал воду с неприятным привкусом или заболоченную местность.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Кислун. Сама основа Кислун — это производная форма от «кислый» с экспрессивным суффиксом -ун, который в русских говорах часто усиливал значение: кислун — «тот, кто сильно кислит» или «любитель кислого». Такая модель (глагол или прилагательное + -ун) дала много фамилий: Говорун, Молчун, Ворчун — и Кислунов стоит в этом же ряду. То есть изначально Кислун — это не имя, а прозвище, закрепившееся за конкретным человеком, а его потомки стали Кислуновыми.

Встречается фамилия Кислунов преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Там «кислыми» называли не только людей, но и речки, урочища — так что не исключено, что родоначальник получил прозвище по месту жительства. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилии на -унов (-унов) выделяются как типично северные, что подтверждает эту географическую привязку.

Есть и более редкая версия: в некоторых говорах «кислый» означало «вялый», «медлительный». Тогда Кислун — человек неторопливый, флегматичный. Но это предположение менее убедительно, потому что прозвища по характеру обычно давали яркие, а «кислый» в этом смысле — скорее нейтральная характеристика, которая редко становилась основой для фамилии. Куда вероятнее, что предок Кислуновых был либо ремесленником, связанным с квашением, либо жил у «кислого» источника.