Фамилия Кильян — это не самостоятельное имя, а фонетический вариант более распространённой фамилии Кирьян. В основе обеих лежит мужское имя Кириан, которое восходит к греческому слову «кириос» — «господин». В русской народной среде имя Кириан упростилось до просторечной формы Кирьян, а в некоторых говорах, особенно на юге России и в Белоруссии, звонкий звук «р» мог заменяться более мягким «ль», что и дало вариант Кильян.

Такая замена — не редкость для ономастики. Например, фамилии Кирьянов и Кильянов сосуществуют как однокоренные, но разошлись в произношении. Модель образования здесь простая: фамилия застыла в виде полной формы мужского имени (Кильян), без добавления типичных суффиксов -ов/-ев или -ин. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, был крестьянином или мещанином, у которого в документах записали имя как есть, без отчества в современном смысле.

Географически фамилия Кильян встречается реже, чем Кирьян, и тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такие варианты рассматриваются как диалектные ответвления от канонических форм. Таким образом, Кильян — это не случайное искажение, а живое свидетельство того, как народная речь перекраивала книжные имена, сохраняя их в фамилиях.