Фамилия Кильян представляет собой фонетический вариант фамилии Кирьян, которая фактически является застывшей формой мужского имени Кириан. Это имя образовано от греческого слова «кириос» - «господин». Основой для фамилии послужила его просторечная форма – Кирьян.