Фамилия Кимайкина звучит необычно, и её происхождение — хороший пример того, как прозвище, связанное с личной чертой, превратилось в родовое имя. В основе лежит прозвище Кимайка. Оно образовано от глагола «кимать» — в русских говорах это слово означало «дремать, клевать носом, спать урывками». Человек, которого так прозвали, скорее всего, отличался сонливостью или любил вздремнуть в неположенное время. Корень здесь тот же, что и в слове «кивать» (кивать головой во сне).

Суффикс -к- в прозвище Кимайка придаёт ему уменьшительно-пренебрежительный оттенок, характерный для народной речи. Такие прозвища часто давали не в насмешку, а как бытовую характеристику — «соня», «дрема». Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Кимайк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В прямом значении Кимайкина — «жена или дочь Кимайки». В русской традиции фамилии на -ин обычно закреплялись за теми, чьи предки носили прозвища или имена, оканчивающиеся на -а/-я.

Географически фамилия редкая. Судя по говорам, где встречался глагол «кимать», её корни могут лежать в северных и центральных областях России — в архангельских, вятских, костромских краях. Там слово «кимать» было в ходу, а прозвища такого типа фиксировались в переписных книгах. В отличие от фамилий от крестильных имён (Иванов, Петров), Кимайкина — чисто прозвищная, и её носители в прошлом не были связаны ни с каким ремеслом или сословием. Это просто меткое народное прозвище, которое закрепилось за родом.