Фамилия Кинеева, вероятнее всего, образована от тюркского мужского имени Киней. В основе лежит древнетюркское слово «кен» или «кенг» — «широкий, просторный». В переносном смысле такое имя могло означать «широкая душа», «щедрый» или «великодушный». В ономастике распространена модель, когда имя или прозвище, указывающее на характер или внешность, становилось основой фамилии.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. В данном случае основа «Киней» дала форму «Кинеев». Женская форма Кинеева — это вариант той же фамилии по линии дочери или жены, что типично для русской фамильной системы.

Географически фамилия Кинеева тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы: Татарстан, Башкортостан, Чувашия, а также Оренбургская и Челябинская области. В этих местах имя Киней (как и его варианты — Кинь, Киня) было вполне обычным в XVI–XIX веках. Предки современных носителей фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, принявшими православие и получившими фамилию по отцу.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Киней от диалектного глагола «кинять» — в некоторых говорах это значит «кивать», «покачивать головой». Тогда прозвище могли дать человеку с характерной манерой поведения. Однако тюркское происхождение выглядит убедительнее — оно хорошо вписывается в общую картину фамилий Поволжья и Урала.