Фамилия Кинеев образована от тюркского имени или прозвища Киней. Основа восходит к тюркскому слову «кен» или «кеней» — «широкий, просторный», либо к древнетюркскому имени Кеней, которое означало «старший, широкий в плечах». В татарской и башкирской среде имя Киней (Кинйә) бытовало как ласкательная форма, близкая к смыслу «младшенец, дорогой». Так что первым носителем фамилии мог быть человек, носивший это имя, либо получивший прозвище за стать или широту души.

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимической фамилии: «чей?» — Кинеев, то есть сын Кинея. Это типичный случай, когда тюркское имя попало в русскую фамильную систему через смешанные браки, крещение или соседское общение. Встречается фамилия в основном в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкортостане, а также среди татарской и башкирской диаспор. В русских документах фамилия фиксируется с XVII века, например, в переписных книгах Казанского уезда.

Географически Кинеевы расселены неравномерно: наибольшая концентрация — в Республике Татарстан и Оренбургской области. Встречается и в мордовской среде, что объясняется долгими контактами мордвы с тюркскими народами. В некоторых говорах фамилию могли искажать до Кенеев, но исходная форма — именно через «и».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кинеевых часто путают с Кинеевыми (с ударением на второй слог), но это разные фамилии: вторая происходит от кинея как «кинец» — житель города Кинь. Для Кинеевых же ударение обычно падает на второй слог: Кине́ев.