Кинер — фамилия, которая ведет в две разные стороны: к музыке и к природе. Наиболее убедительная версия связывает её с ивритским словом «кинор» (kinoyr) — «скрипка». В таком случае прозвище Кинер давали предку-скрипачу, и фамилия относится к числу «профессиональных», указывая на ремесло основателя рода. Альтернативная гипотеза выводит основу из немецкого Kiene — «сосна». Здесь возможны варианты: прозвище могли дать за могучую фигуру, напоминающую дерево, или же за место жительства — в сосновом бору.

География бытования фамилии подтверждает её связь с еврейской средой. В «Одесском мартирологе» упоминается Кинер Моисей Беркович, родившийся в 1878 году. Из Сведений Одесского академического центра известен Кинер Нисель Лейбович (1897 года рождения, город Дубоссары). А в Книге памяти Томской области записан Кинер Семен Хаймович, родившийся в 1913 году на Украине, в Тираспольском округе, село Дубоссары. Все эти записи указывают на южнорусский регион и, скорее всего, на еврейское происхождение носителей, что делает версию с «кинором» (скрипкой) более правдоподобной, чем немецкую «сосну».

Суффикс -ер в фамилии типичен для немецкого и идишского словообразования — он обозначает деятеля или того, кто связан с предметом. Если основа действительно «скрипка», то Кинер — буквально «скрипач», что идеально вписывается в модель профессиональных прозвищ (ср. Шустер — сапожник, Фишер — рыбак). Немецкая версия с «сосной» тоже возможна, но в этом случае фамилия скорее указывала бы на место жительства, а не на внешность, и была бы более редкой для восточноевропейского ареала.