Фамилия Кининеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно разобрать слово по частям и заглянуть в диалектную лексику, а не в список популярных имён.

Основа фамилии — «Кинине(й)». Скорее всего, перед нами не крестильное имя, а прозвище. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, слово «киня» или «кинявый» означало «капризный», «плаксивый», «ноющий» человек. Отсюда же глагол «кинеть» — ныть, жаловаться, капризничать. Таким образом, Кининей — это человек, которого прозвали за ворчливый или требовательный характер. Суффикс -ей в прозвищах встречается (сравните: Копей, Борзей), он придаёт основе характерную просторечную окраску.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Кинине(й)» добавили патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Кининеев буквально означает «сын Кининея». Написание с двойным «н» (Кининеев, а не Кининеев) — результат стяжения: прозвищная форма Кининей → притяжательное прилагательное Кининеев (чей?).

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были распространены севернорусские говоры. По данным современных открытых баз, носители фамилии встречаются в Кировской области и в Пермском крае. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в вятских и пермских говорах слово «киня» фиксировалось как «плакса» или «нытик».

Есть и другая, менее вероятная версия — от тюркского имени или прозвища. В татарском языке есть корень «кин» (широкий, просторный), но образование фамилии с суффиксом -еев для тюркских заимствований нетипично. Скорее всего, перед нами чисто русская фамилия, возникшая из бытового прозвища, которое когда-то дали не в меру капризному или ворчливому предку.