Фамилия Киникеев — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение стоит искать не в славянских корнях, а в тюркских языках. Основа фамилии — личное имя Кинике (или Киникей), которое восходит к тюркскому слову «киник» — «упрямый», «настойчивый» или «обидчивый». В некоторых диалектах это слово могло означать «закалённый», «стойкий». Таким образом, прозвище Кинике давали человеку с непростым, возможно, неуступчивым характером, либо же, в положительном смысле, — тому, кто умел добиваться своего.

Модель образования фамилии типична для русифицированных тюркских фамилий: к основе Кинике добавлен русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Киникеев, то есть сын Кинике). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного (звук «е» смягчает предыдущий «к»). Это стандартный механизм адаптации нерусских имён в XV–XIX веках, когда татарская, башкирская или казахская знать и служилые люди переходили в русское подданство и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Киникеев тяготеет к регионам Поволжья и Урала, особенно к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. Это подтверждается данными современных телефонных справочников и архивов. Предки современных Киникеевых, скорее всего, были тюркоязычными (башкирами, татарами или мишарями), которые приняли православие или перешли на русскую службу, получив фамилию по имени родоначальника.

Стоит отметить, что вторая часть фамилии — «кеев» — может быть искажением другого тюркского суффикса принадлежности, но версия с личным именем Кинике остаётся основной. Встречаются варианты написания Киникеев и Киникеевъ (дореформенное), но ударение в фамилии обычно падает на третий слог: Кинике́ев. Из-за редкости фамилии её носители, как правило, хорошо знают свою родословную, часто связывая её с конкретной деревней или родом в Башкортостане.