Скорее всего, фамилия Киликеев образована от имени Киликей. Оно состоит из двух частей: Киль (в переводе с древнетюркского – «пусть родится; родился») и уменьшительно-ласкательного суффикса –кей (видоизмененного -кай). Согласно другой гипотезе, в основе этой фамилии лежит прозвище Киликей, образованное от слова «килик» при помощи суффикса –ей (видоизмененного -ай). Киликами называли алтайских киргизов. Следовательно, прозвище Киликей мог получить сын человека, жившего в этом племени. Таким образом, потомок человека, которого звали Киликей, со временем получил фамилию Киликеев.