Фамилия Киликеева, скорее всего, хранит память о тюркском имени или прозвище, которое носил её первый носитель. В основе лежит имя Киликей, которое можно разобрать на две части. Первая — «Киль» — восходит к древнетюркскому глаголу со значением «пусть родится» или «родился». Вторая часть — уменьшительно-ласкательный суффикс «-кей» (видоизменённый вариант тюркского «-кай»). Такие суффиксы в тюркских языках часто придавали именам ласковый или «младший» оттенок, поэтому полное имя Киликей могло означать что-то вроде «рождённый маленьким» или быть формой более длинного имени.

Есть и другая версия. Согласно ей, фамилия образована не от имени, а от прозвища Киликей. Слово «килик» в некоторых тюркских говорах обозначало алтайских киргизов (одну из этнических групп). Тогда прозвище Киликей (с помощью суффикса «-ей», родственного «-ай») мог получить сын человека из этого племени или тот, кто имел с ними какую-то связь. Какая из версий правдоподобнее? Первая — с именем — встречается чаще: для тюркских фамилий характерно происхождение от личных имён с пожелательной семантикой. Вторая, этническая, тоже возможна, но менее типична для такой словообразовательной модели.

Сама фамилия Киликеева — это форма женского рода. Мужской вариант — Киликеев. Она образована по русской модели с суффиксом «-ев», который присоединяется к основе на мягкий согласный или «й» (Киликей → Киликеев). Такие фамилии обычно означали принадлежность: «сын Киликея» или, в более широком смысле, «из рода Киликеевых».

География фамилии, скорее всего, связана с регионами, где исторически смешивались тюркские народы и русское население — Поволжье, Урал, Сибирь. Точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет, но распространённость подобных фамилий среди крестьян и казаков позволяет предположить, что предки Киликеевых не принадлежали к высшей знати. Фамилия — нечастая, что делает её ценным маркером для тех, кто ищет свои корни: она не «размыта» по огромному числу носителей, а значит, её происхождение можно проследить точнее.