Фамилия Кинзикеева — женская форма фамилии Кинзикеев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы понять корни. Основа фамилии — «Кинзикей» или «Кинзикей-», в которой почти наверняка скрыто тюркское имя или прозвище.

Вероятнее всего, в основе лежит мужское личное имя, распространённое у башкир, татар или казахов. Компонент «Кинзи» восходит к слову «кинйә» (башк.) или «кенже» (каз.) — «младший», «последний ребёнок» в семье. Такие имена давали младшим сыновьям, чтобы подчеркнуть их положение. Вторая часть «-кей» или «-кей-» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для тюркских языков (сравните с именами Ахметкей, Ишкей). То есть Кинзикей — это «младшенький», ласковое прозвище младшего сына.

Модель образования фамилии — притяжательная, по тюркско-русскому типу: к основе «Кинзикей» добавили русский патронимический суффикс «-ев» (Кинзикеев), что буквально означает «сын Кинзикея». В русской традиции фамилии на «-ев» обычно получали крещёные татары и башкиры, а также представители других народов Поволжья и Урала, переходившие в православие. Фамилия Кинзикеева, соответственно, указывает на жену или дочь Кинзикеева.

Географически фамилия редкая и тяготеет к регионам расселения башкир и татар — Башкортостан, Челябинская, Оренбургская области. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении от конкретного родоначальника. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или казаками (на южноуральских рубежах), а само прозвище в крестьянской среде не было редкостью — так могли называть младшего в большой семье, чтобы отличать от старших братьев.

Других версий — например, связи с географическим названием или древнерусским словом — для этой фамилии нет: она однозначно тюркская по корню и русская по оформлению.