Фамилия Каникеев — редкий пример, где основа имени звучит не по-русски, а суффикс — чисто русский, фамильный. Разберём её на части: корень «Каник-» и суффикс «-еев». Последний — вариант суффикса «-ев», который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». Значит, в основе лежало имя или прозвище Каникей. Что это за слово?

Здесь открывается самое интересное. Каникей — это не славянское имя. Скорее всего, это тюркское прозвище, которое давали человеку с каким-то особенным качеством. В тюркских языках корень «кан» означает «кровь», «каны» — «кровавый», но напрямую переводить прозвище как «кровавый» было бы грубо. В ономастике (науке об именах) такие прозвища часто указывали на цвет волос или смуглую кожу: «кара» — чёрный, «кызыл» — рыжий. «Каникей» могло означать «смуглый» или «чернявый». Есть и другая версия: от тюркского «кан» в значении «хан», «владыка», но с уменьшительным суффиксом — тогда «Каникей» это «маленький хан» или «ханский сынок», ласкательное обращение.

Фамилия Каникеев образована по классической русской модели: сын Каникея, потомок Каникея. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, где было активно татарское и башкирское влияние, такие фамилии не редкость. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, а его потомки уже обрусели и получили фамилию на «-еев». В пользу этого говорит и то, что фамилия не частая, не дворянская, а крестьянская или мещанская — её носители жили в сёлах, а не в столицах.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные примеры разбираются в разделе фамилий тюркского происхождения. Каникеев стоит в одном ряду с фамилиями Канеев, Канаев, Каныгин — все они восходят к тюркским прозвищам, связанным с цветом или статусом. Если искать географию, то Каникеевы встречаются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области — регионах, где веками жили рядом русские и тюрки.