Фамилия Киняпина ведет свое начало от канонического мужского имени Акиндин, которое в переводе с греческого языка означает «безопасный». От этого имени было образовано множество разговорных форм, одна из которых — Киняпа — и легла в основу данной фамилии (Акиндин < Киндин < Кинда < Киня < Киняпа). Одним из святых покровителей этого имени является мученик Акиндин, который вместе с Пигасием и Анемподистом был придворным персидского царя Сапора II (310 - 381) и тайным христианином. Когда царь воздвиг гонение на христиан, завистники донесли ему на них. Вызванные на суд к царю, святые мученики безбоязненно исповедали свою веру в Святую Троицу. Когда святых положили на железную решетку и разожгли под ней огонь, они стали молиться. Внезапно пошел дождь и погасил огонь. Видя чудеса, совершавшиеся по молитвам святых мучеников, многие уверовали во Христа и исповедали свою веру. Святые прославили Бога и призвали уверовавших принять Крещение дождем, ниспосланным на них. Один из палачей, Афоний, всенародно просил прощения у святых мучеников за причиненные им страдания и мужественно пошел на казнь за Христа. Скорее всего, основатель рода Киняпиных был человеком из простого сословия. Согласно еще одной гипотезе, в сонове данной фамилии лежит прозвище Киняпа, которое связано с башкирским словом «киня» - «маленький» или марийским «кине» - «конопля». Поэтому это прозвищемог получить долгожданный, любимый ребенок в семье. Кроме того, возможно, что прозвище Киняпа относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии: он выращивал коноплю, длинное и прочное волокно которой шло на приготовление канатов, ценных рыболовных снастей, специальных грубых тканей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Киняпа, со временем получил фамилию Киняпина.