Фамилия Киняпин образована от разговорной формы крестильного имени Акиндин. В переводе с греческого это имя означает «безопасный». Цепочка преобразований выглядит так: Акиндин → Киндин → Кинда → Киня → Киняпа. Именно форма Киняпа и легла в основу фамилии.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Киняпы» или «потомок Киняпы». Такая модель была распространена в центральных и северных регионах России.

Святым покровителем имени считается мученик Акиндин. Он вместе с Пигасием и Анемподистом служил придворным у персидского царя Сапора II (310–381) и тайно исповедовал христианство. Когда начались гонения, завистники донесли на них. На суде святые безбоязненно открыли свою веру. Царь приказал бить их плетьми, затем подверг череде мучений и пыток. Когда мучеников положили на железную решётку и разожгли под ней огонь, они стали молиться — внезапно пошёл дождь и погасил пламя. Видя чудеса, многие уверовали во Христа. Один из палачей, Афоний, всенародно попросил у святых прощения и сам принял казнь за веру.

От разных производных форм имени Акиндин образовалось несколько родственных фамилий: Акундинов, Акиндинов, Анфудинов, Кадимов, Киняшев, Кинев и другие. Фамилия Киняпин — одна из них, и её редкость как раз в том, что она сохранила редкую промежуточную форму имени — Киняпа.