Фамилия Кинзибаев образована от личного имени Кинзибай. Это имя — сложное, составное: оно восходит к двум тюркским основам. Первая часть, Кинзя, означает «самый младший». Вторая часть, Бай, в тюркских языках имела значение «хозяин», «состоятельный человек», «господин». Скорее всего, имя Кинзибай давали младшему ребенку в семье — возможно, с пожеланием, чтобы он вырос удачливым и обеспеченным, или просто как порядковое прозвище для самого младшего.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Кинзибай добавили русский патронимический суффикс -ев. Первоначально такая фамилия означала «сын Кинзибая». Со временем, когда фамилии закрепились и перестали меняться по поколениям, Кинзибаевы — потомки человека с именем Кинзибай — передавали её уже как родовое прозвание.

Интересно, что имя Кинзя (или Кинзибай) встречается в башкирской и татарской среде. Известно, что в истории Башкортостана был старшина Кинзя Арсланов, сподвижник Емельяна Пугачева. Хотя его имя — Кинзя, а не Кинзибай, это указывает на бытование корня «кинзя» в регионе. Поэтому фамилия Кинзибаев, скорее всего, имеет башкирские или татарские корни и связана с Южным Уралом или Поволжьем.