Фамилия Кинзибаев происходит от тюркского составного имени Кинзибай. В его основе — два слова: «кинзя» (самый младший) и «бай» (хозяин, богатый и влиятельный человек, господин). Скорее всего, такое имя давали младшему ребенку в семье, подчеркивая его статус или особое положение. Потомка этого Кинзибая со временем и стали называть Кинзибаевым.

Фамилия образована по распространенной в тюркской среде модели: к имени на -бай добавляли русский патронимический суффикс -ев. Такие фамилии встречаются у башкир, татар и других народов Урало-Поволжья. Встречается и вариант написания Кинзебаев — с буквой «е» в первом слоге, что связано с особенностями местного произношения.

Хотя фамилия явно восточного происхождения, точное время и место её появления назвать сложно. Как и многие родовые имена, она могла закрепиться в разных регионах независимо. Окончательные выводы о конкретной ветви Кинзибаевых возможны только после серьезных генеалогических изысканий в конкретной семье.