Фамилия Кипрухин — один из примеров того, как в русской ономастике «съеживается» полное имя. В её основе лежит просторечная форма крестильного имени Киприан (от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть родом с острова Кипр). В народной речи имя Киприан превращалось в Кипр, а от него образовались уменьшительные варианты: Кипруха, Кипруша, Кипря. Фамилия Кипрухин, таким образом, означает «сын Кипрухи» или, проще, «потомок человека по прозвищу Кипруха».

Суффикс -ин указывает на принадлежность, типичную для северных и центральных регионов России. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от прозвищ с твёрдой основой (Кипр → Кипров), вариант с -ин честнее передаёт исконное звучание имени. Если бы предка звали Киприаном, но в быту кликали Кипрой, то фамилия могла бы стать Киприн, но форма Кипрухин встречается чаще — в ней слышен тот самый уменьшительный суффикс -ух-, который в старину придавал имени оттенок ласки или фамильярности (сравните: Ванюха, Петруха).

Географически фамилия редкая и «точечная». Основные следы ведут в Вологодскую и Архангельскую области, а также в Поволжье — в частности, в бывшую Симбирскую губернию. Там, где старообрядцы и крестьяне дольше сохраняли архаичные формы имён, вариант Кипруха мог держаться столетиями. Встречается фамилия и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках.

Спорных версий происхождения почти нет. Единственная альтернатива — связь с диалектным глаголом «кипрушить» (суетиться, делать что-то в спешке), но это слово локальное и маловероятное для основы фамилии: церковное имя Киприан в народе было слишком распространено, чтобы отбрасывать его ради редкого прозвища. Правдоподобнее держаться версии с крестильным именем.

Известных носителей с громкой исторической славой нет, но это как раз типично для фамилий, закрепившихся в крестьянской среде. Кипрухины — это потомки людей, которых в документах XVII века записывали как «Киприанко Иванов», а в быту звали Кипрухой. Фамилия не дворянская, не купеческая, а именно «мирская», что делает её живым свидетельством народной переработки церковных имён.