Фамилия Кипрушина образована от мужского имени Кипруша — просторечной, бытовой формы крестильного имени Киприан. В русской традиции полное церковное имя Киприан (от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть уроженец острова Кипр) в повседневном общении сокращали до Кипря, Киприк, а затем и до Кипруша. Такая модель — усечение основы с добавлением суффикса -уш(а) — типична для русских неофициальных имён: Матвей — Матюша, Варфоломей — Вахруша. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Кипрушин — значит «сын Кипруши» или «человек из семьи Кипруши».

Фамилия редкая, её география тяготеет к северным и центральным регионам России, где имя Киприан было более распространено, чем на юге. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с основой Кипруш-: например, в переписных книгах Вятки и Приуралья фиксировались Кипрушины, что связано с активным переселением северян на Урал. В современных справочниках фамилия встречается в Пермском крае, Кировской и Нижегородской областях.

Морфологически фамилия стоит в ряду однокоренных: Киприянов, Кипреев, Кипряков, Киприн. Но Кипрушина отличается тем, что сохранила неканоническую форму имени — более живую и народную, чем официальное Киприанов. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, принадлежали к крестьянской или мещанской среде, где церковные имена перерабатывались в обиходе до неузнаваемости.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её связывают с диалектным глаголом «киприть» (капризничать, дурить), но это натяжка: основа «кипруш-» без труда выводится из антропонимики, и версия с именем Киприан — основная и доказанная. В словаре русских фамилий Б.О. Унбегауна подобные формы (Вахруша, Кипруша) разбираются именно как производные от канонических имён.

В написании фамилии стоит обратить внимание на чередование: в безударном положении нередко встречается вариант «Кипрошина» (от той же основы, но с другим суффиксом). Однако исторически верная форма — через «у»: Кипрушина, что точнее передаёт исходное Кипруша.