Фамилия Кипрушкин — редкий пример, когда за основу взяли не церковное имя Киприан, а его уменьшительно-бытовую форму Кипрушка. Такая модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «чей?» — сын Кипрушки. Второй вариант, менее вероятный, — что прозвище Кипрушка дали человеку, имевшему отношение к кипению, горячему нраву или, возможно, к ремеслу кипятильщика (например, на солеварнях). Но здесь силён аргумент в пользу имени: в документах XVI–XVII веков встречается множество производных от Киприана — Кипрей, Кипрюшка, Кипруха. Фамилия Кипрушкин могла закрепиться за крестьянином или посадским человеком, чьего отца или деда в быту звали Кипрушкой.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. В переписях начала XX века единичные носители отмечены в Вологодской и Костромской губерниях, что косвенно подтверждает связь с диалектной формой имени. Интересно, что суффикс -ушк- в основе не типичен для фамилий на -ин — обычно такие формы становятся на -ов (Кипрушков), но здесь сработала модель отчества на -ин, что выдает более древний слой образования.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Кипрушкин стоит особняком. Киприанов — прямая, книжная форма; Кипреев — от имени Кипрей (народный вариант); а Кипрушкин — самая разговорная, почти ласкательная. Это говорит о том, что предок носителя был человеком простого звания, и фамилия закрепилась не по святцам, а по дворовому прозвищу. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская, но точных данных нет — фамилия не попала в дворянские родословные книги.

В современном русском языке фамилия встречается редко, но запоминается необычным звучанием. Её носители, вероятно, могут проследить корни в северных деревнях, где имя Киприан было в ходу, а уменьшительные формы — нормой общения.