Фамилия Кипрушова образована от имени Кипруша — одной из народных, разговорных форм крестильного имени Киприан (в русской традиции более известного как Куприян). Такие сокращённые имена в быту давали детям, чтобы не произносить полное церковное имя каждый раз: Киприан превращался в Кипру, Кипрушу, а отчество от этого прозвища со временем закрепилось как фамилия. Само имя Киприан происходит от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть родом с острова Кипр. В святцах это имя связано с несколькими раннехристианскими святыми, в том числе с мучеником Киприаном и святителем Киприаном, митрополитом Московским.

Основа фамилии — Кипруш — образована с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -уш-, который придавал имени семейный, домашний оттенок. Суффикс -ов- в окончании указывает на принадлежность: «чей?» — Кипрушов, то есть сын или потомок Кипруши. Такая модель типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках: сначала отчество, потом наследственная фамилия.

Географически фамилия Кипрушова встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Там же распространены однокоренные фамилии — Кипрушин, Кипрушев, Кипров. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, что говорит о самостоятельном бытовании в разных говорах. Например, Кипрушев мог появиться в областях, где предпочитали суффикс -ев в отчествах от имён на мягкий согласный.

Версия, что фамилия могла произойти от прозвища, связанного с «кипреем» (растением иван-чай), маловероятна: слово «кипрей» вошло в обиход позже и не дало устойчивых личных имён. А вот имя Киприан, напротив, было широко распространено в крестьянской и купеческой среде, так что предки Кипрушовых с большой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми, носившими в быту уменьшительное имя Кипруша.