Фамилия Кипрушкина образована от мужского имени или прозвища Кипрушка. В основе лежит просторечная форма крестильного имени Киприан (от латинского Cyprianus — «родом с Кипра»). В русской народной традиции имя Киприан нередко сокращали до Кипря, Киприк, Кипруша, а уменьшительно-ласкательный вариант с суффиксом -ушк- дал форму Кипрушка. Фамилия на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или дочь Кипрушки, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я, что типично для северных и центральных областей России. Встречается фамилия и в мужском варианте — Кипрушкин, но женская форма Кипрушкина закрепилась в документах как паспортная, а не как указание на пол носителя. Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, куда переселенцы из северных губерний приносили свои прозвищные имена.

Сам корень — Кипр- — легко связывается с географическим названием, но прямое указание на остров Кипр в крестьянской среде маловероятно. Скорее, имя давалось в честь святого Киприана, почитаемого в православии. В народной среде имя Киприан иногда переосмысливали, связывая с «кипром» — старинным названием ткани, но для фамилии Кипрушкина эта версия менее убедительна, так как прозвище по ткани образовывалось бы через «кипровый», а не через уменьшительное «Кипрушка».

Если сопоставлять с однокоренными фамилиями — Киприянов, Кипреев, Кипров, — то Кипрушкина выделяется именно ласкательной формой основы. Такие фамилии часто давали детям или младшим членам семьи, подчеркивая нежное отношение. В современных базах данных фамилия немногочисленна, её носители — в основном жители малых городов и сёл, что подтверждает её глубоко народное, недворянское происхождение.