Фамилия Кипрушин — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка указывает на географическое происхождение, а не на профессию или личное качество. Основа «Кипр-» прямо отсылает к острову Кипр или к человеку, который был с ним связан. Однако, как и в случае со многими русскими фамилиями, прямой связи с греческим островом в родословной чаще всего нет.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не топоним, а личное имя или прозвище. В русской ономастике известна форма канонического имени Киприан (от лат. Cyprianus — «кипрский, уроженец Кипра»). В народном произношении это имя сокращалось и переиначивалось: Киприян, Киприша, Кипруша. От уменьшительной формы Кипруша с помощью патронимического суффикса -ин (отвечающего на вопрос «чей?») и образовалась фамилия Кипрушин. Таким образом, предок носителя этой фамилии, вероятно, звался Кипрушей — то есть был человеком по имени Киприан.

Суффикс -ин указывает на модель, типичную для северных и центральных регионов России, а также для Сибири. Фамилия недворянская, «крестьянская» по происхождению: её давали по имени отца, без приставок и окончаний на -ский.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Кипруша, данного человеку, который торговал с Кипром или привёз оттуда товар. Однако в условиях Древней Руси и Московского царства прямые контакты с Кипром были редкостью, поэтому версия с личным именем выглядит убедительнее. Фамилия остаётся редкой и не имеет широко известных дворянских ветвей или знаменитых однофамильцев в истории.