Фамилия Кипрев образована от прозвища или нецерковного имени Кипрей. В её основе лежит слово «кипрей» — так в России называли иван-чай, высокое травянистое растение с розовыми цветами. Прозвище Кипрей мог получить человек, живший в зарослях иван-чая, либо тот, кто занимался сбором и заготовкой этой травы — кипрей издавна использовали как заварку, суррогат чая. Менее вероятно, но возможно, что прозвище носило иронический оттенок и относилось к высокому, худощавому человеку, ассоциировавшемуся с этим высоким стеблем.

Модель образования фамилии стандартна для русской ономастики: суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на -й. По правилам русского языка, -й переходит в е, и Кипрей превращается в Кипрев. Такая же схема работает в фамилиях Андреев (от Андрей), Тимофеев (от Тимофей), Алексеев. Сын Кипрея — Кипрев, то есть фамилия изначально была отчеством.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кипрев происходит от мирского прозвища. В дохристианской и раннехристианской традиции на Руси давали «растительные» имена: Трава, Лопух, Крапива, Кипрей. Считалось, что такое имя оберегает от злых сил. Позже, когда прозвища закрепились как фамилии, связь с растением сохранилась лишь в памяти носителей.

Географически фамилия Кипрев встречается не повсеместно. Её ядро — северные и центральные регионы России, особенно Вологодская, Архангельская, Костромская области, где иван-чай растёт в изобилии. В южных областях фамилия редка. Это косвенно подтверждает её происхождение от местного природного объекта, а не от какого-то универсального занятия.

Встречается также вариант написания Кипреев, но он ошибочен с точки зрения исторической морфологии: двойное «е» не требуется, так как суффикс -ев уже присоединён к основе, а не к окончанию. Фамилия Кипрев не имеет отношения к острову Кипр или киприотам — это случайное внешнее сходство, не подтверждённое ни историей, ни словообразованием.