Фамилия Киприны, как и многие другие, образована от имени собственного. Основа здесь — церковное имя Киприан (в народном произношении Киприян), которое восходит к латинскому Cyprianus — «кипрский», «уроженец Кипра». Имя это было популярно в среде духовенства и крестьян, дав множество обиходных форм: Кипр, Кипря, Киприк. Именно форма Кипря, полученная через усечение основы, и легла в основу фамилии Киприн. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Киприн, то есть сын, потомок Кипри.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, модель на -ин типична для основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь это сработало с разговорным вариантом Кипря, а не с полной формой Киприан (которая дала бы фамилию Киприанов). Поэтому Киприны — это не «потомки Киприана» напрямую, а именно потомки человека, которого в быту звали Кипря. Такая словообразовательная цепочка — от полного имени к краткой форме и затем к фамилии — очень характерна для XVI–XVII веков, когда фамилии активно закреплялись у крестьян и посадских людей.

Географически фамилия Киприн встречается в разных регионах, но чаще — в центральных и северных областях России, где имя Киприан было особенно почитаемо (святитель Киприан, митрополит Московский). Встречается и вариант Киприны, который может указывать на множественное число (семья Киприных) или на северную традицию фамилий в форме притяжательного прилагательного во множественном числе (ср. Ивановы, Петровы, но также и Киприны).

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным и неоднородным. Однако ясно, что Киприны — это не случайное прозвище, а устойчивая фамильная память о предке, носившем имя, связанное с древним христианским центром — Кипром.