Фамилия Киприна образована от имени Кипря — одной из обиходных форм церковного имени Киприан (в просторечии также Киприян). Само имя Киприан восходит к латинскому Cyprianus, что означает «кипрский», «уроженец Кипра». В русской традиции от этого имени возник целый ряд фамилий: Киприянов, Кипреев, Кипров, Кипря и, наконец, Киприна.

В данном случае мы имеем дело с характерной для русского севера и центральных областей моделью на -ин. Такие фамилии обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я: Кипря → Киприн → Киприна (форма женского рода или принадлежность к роду, где глава семьи носил прозвище Кипря). Изначально фамилия закреплялась за потомком человека по имени Кипря: «чей?» — «Киприн сын», «Киприна дочь».

Интересно, что в отличие от широко распространённых Киприяновых, фамилия Киприна встречается заметно реже. Это говорит о том, что её носители происходят из местности, где имя Кипря бытовало как самостоятельное обиходное прозвище, а не просто как сокращение от полного имени. Поскольку суффикс -ин чаще встречается в северных и северо-восточных говорах, можно предположить, что ядро фамилии сложилось именно там, хотя со временем она разошлась по разным регионам.

Таким образом, предки современных Киприных — это люди, которых в быту звали Кипря. Скорее всего, они были крестьянами или посадскими, поскольку фамилии на -ин у непривилегированных сословий закреплялись в XVI–XVII веках. В церковных метриках и писцовых книгах того времени имя Кипря встречается, но не повсеместно, что и объясняет относительную редкость самой фамилии.