Основой фамилии Киприн послужило церковное имя Киприан. Имя Киприян (Киприан, т. Оно имело ряд производных форм, одна из которых — Кипря — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кипря, со временем получил фамилию Киприн.