Фамилия Киптенко образовалась от прозвища Кипта. Вероятно, оно восходит к древнетюркскому «къыпты» в значении «ножницы». Таким образом, прозвище Кипта могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка. Скорее всего, он был парикмахером или занимался кройкой. Согласно другой гипотезе, в основе прозвища Кипта лежит украинское нарицательное «кiпоть», которое в переводе на русский язык имеет значение «осадок дыма, сажа». Следовательно, так могли называть человека, который работал возле печи или в коптильне. Кроме этого, прозвище Кипта может быть этимологически связано с диалектным словом «кипоть», которое имеет значение «коготь, ноготь». В этом случае подобное прозвище, возможно, получил человек, у которого были длинные и крепкие ногти. Таким образом, потомок человека, которого звали Кипта, со временем получил фамилию Киптенко.