Фамилия Кирдякина — женская форма фамилии Кирдякин. В её основе лежит прозвище Кирдяк, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кирдяка, а затем и жена, дочь Кирдякина.

Само прозвище Кирдяк — тёмное слово, и единого мнения о его происхождении нет. Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «кирдячить» — то есть делать что-то с трудом, с натугой, с усилием, а также «гнуть, ломать, коверкать». В этом случае Кирдяком могли прозвать человека неловкого, неуклюжего, либо того, кто «гнул своё» — упрямца. В рязанских и тамбовских говорах слово «кирдяк» встречается в значении «коротышка, низкорослый человек», что тоже могло стать основой для прозвища.

Вторая гипотеза, менее популярная, выводит прозвище из тюркских языков. Например, в татарском есть слово «кердек» — «вошёл, проник», а в казахском «кірді» — «вошёл». Однако для русской фамилии, особенно если она бытует в центральных регионах, такая этимология менее правдоподобна, хотя полностью исключать её нельзя — в зонах смешанного расселения с тюрками подобные заимствования встречались.

Фамилия Кирдякин фиксируется в письменных источниках с XVI–XVII веков. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Кирдяк — крестьянин в Дмитровском уезде (XVI век). Это говорит о том, что прозвище бытовало в среде крестьян и посадских людей, а не в дворянской среде. Соответственно, предки современных Кирдякиных, скорее всего, были вольными или владельческими крестьянами центральной России.

Особенность фамилии — редкая основа. Если фамилии на -ов/-ев и -ин встречаются часто, то с корнем «кирдяк-» их немного. Это делает Кирдякиных носителями довольно уникального прозвищного имени, которое почти не имеет однокоренных «собратьев» в русском ономастиконе. Редкость слова спасает от путаницы: если вы встретили Кирдякина, с высокой вероятностью это потомок того самого дмитровского крестьянина или выходца из рязанских земель.