Фамилия Киргинеков — редкая и географически привязанная. Её основа — этноним «киргиз» (в старом написании «киргиз»), но с характерным суффиксом -ек-. В русской ономастике суффикс -ек- часто указывает на уменьшительную или прозвищную форму: от «киргиз» образуется «Киргинек» — «маленький киргиз», «парень-киргиз» или, скорее, прозвище человека, чем-то напоминавшего киргизов (например, внешностью, одеждой, образом жизни). Затем к прозвищу Киргинек добавили стандартный русский патронимический суффикс -ов, который в этой модели означает «сын Киргинека» или «потомок человека по прозвищу Киргинек». Фамилия закрепилась в той среде, где русские фамилии образовывались от прозвищ по национальному признаку — так же, как Татаринов, Немчинов, Калмыков.

География фамилии Киргинеков указывает на Сибирь и Урал. По данным открытых архивов и телефонных справочников, большинство носителей живут в Хакасии, на юге Красноярского края и в Кемеровской области. Это не случайно: в XVII–XIX веках в этих местах жили русские казаки и крестьяне, которые контактировали с киргизскими и хакасскими племенами (в старых документах хакасов иногда путали с киргизами или называли «енисейскими киргизами»). Прозвище Киргинек мог получить русский служилый человек, который долго жил среди киргизов, торговал с ними или имел характерную внешность.

Версия о происхождении от тюркского «кырк» (сорок) или «кыргын» (бойня) маловероятна для этой фамилии: русская суффиксальная модель -ек-ов нехарактерна для тюркских языков, где скорее ожидалось бы Киргизбаев или Киргизов. Фамилия Киргинеков — чисто русская по форме, хотя основа тюркская.

Социальный состав предков — скорее всего, казаки или государственные крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет, что подтверждает её простонародное происхождение. Встречаются также варианты написания Киргунёков и Киргиняков — это диалектные или канцелярские искажения, не меняющие сути.