Фамилия Киргинекова почти наверняка женская, образованная от мужской формы Киргинеков. Её основа — тюркское слово «кыргын», что значит «бойня, резня, массовое убийство» или «падеж скота». В татарском, башкирском, казахском и других тюркских языках у этого корня мрачная, но прямая семантика.

Словообразовательная модель здесь двойная. Сначала к основе «кыргын» добавили уменьшительно-уничижительный суффикс «-ек», характерный для тюркских языков (сравните: «кызыл» — красный, «кызыл-ек» — красненький). Получилось «Кыргынек» — прозвище, которое могло означать «тот, кто пережил резню», «ребёнок, родившийся во время падежа» или, в переносном смысле, «бедовый, драчливый человек». Затем к этой основе прикрепили русский фамильный суффикс «-ов», типичный для фамилий тюркского происхождения в России, и добавили окончание женского рода «-а». То есть фамилия прошла путь от прозвища до патронимической фамилии через русификацию.

Географически фамилия Киргинекова редкая и встречается в основном у татар и башкир, а также у народов, испытавших их культурное влияние. Вероятнее всего, предки носителя фамилии жили в Поволжье, Приуралье или Западной Сибири — в зоне, где тюркские и славянские антропонимические традиции смешивались столетиями. Сословно это могли быть крестьяне или служилые татары, но без архивных записей точнее сказать нельзя.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Кирги́некова, хотя в разговорной речи возможны варианты. Написание с буквой «е» во втором слоге — результат русификации: в тюркском оригинале звук ближе к «ы» (Кыргынеков), но на письме его передали через привычное русскому уху «и».