Фамилия Киргина образована от женского прозвища или имени Кирга. Основа здесь — не географическое название «Киргизия», как можно было бы предположить, а, скорее всего, диалектное или просторечное слово. В русских говорах «кирга» — это небольшой глиняный кувшин или кринка, то есть форма для молока или сметаны. Такое прозвище могла получить хозяйка, которая торговала молоком, или женщина, отличавшаяся дородностью, полнотой — по ассоциации с округлым сосудом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Киргина буквально означает «дочь или жена Кирги». В русской ономастике это типичная «матронимическая» модель, когда фамилия образуется не от имени отца, а от имени матери. Такие фамилии встречались реже патронимических и часто возникали в ситуациях, когда женщина играла ключевую роль в хозяйстве или воспитывала детей одна.

Есть и другая версия: в некоторых регионах «кирга» — это вид дикого лука или съедобной травы. Тогда прозвище могло относиться к знахарке, собирательнице трав, или просто к человеку, жившему в местах, где такая растительность в изобилии водилась.

Фамилия Киргина встречается преимущественно в центральных областях России, а также в Поволжье. Встречается она нечасто, что неудивительно: матронимические фамилии исторически были менее распространены, а прозвище от бытового предмета — не самое типичное для официального именования.