Фамилия Киргинцов — одна из тех, чья внутренняя форма прозрачна, но требует небольшой оговорки. Корень здесь — «киргиз» (в старом написании «кирги́з»), а суффикс «-цов» указывает на модель образования от названия народа или прозвища.

Разберёмся с суффиксом. В русских фамилиях продуктивен суффикс -ов/-ев, но в данном случае мы видим -цов. Это патронимический суффикс, присоединённый к основе, оканчивающейся на -ец. Исходная форма — «Киргизец» или «Киргизовец». Первое означало бы «сын Киргиза» (как прозвище), второе — «выходец из местности, связанной с киргизами». Однако более вероятно, что основа сократилась: от прозвища «Киргиз» через форму «Киргизов» (чей? — Киргизов) образовали вариант «Киргизовец» (как «Петровец» от «Петров»), который затем стянулся в «Киргинцов». Звук «н» возник как вставной для благозвучия или под влиянием других фамилий на -инцов (например, «Куркинцов»).

Прозвище «Киргиз» в XVI–XVII веках давали не только человеку, реально происходившему из киргизских степей. Чаще так называли русского, который долго жил среди киргизов, перенял их одежду или обычаи, либо просто был смуглым и черноволосым. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксируются у служилых людей, казаков и крестьян южных окраин — там, где контакт с кочевыми народами был повседневностью. Следовательно, предок Киргинцовых мог быть донским или яицким казаком, стрельцом на южной границе или крестьянином, переселившимся в Оренбуржье.

Географически фамилия редкая и локальная. Основной массив носителей — в Поволжье и на Урале, особенно в Оренбургской области и Башкортостане. Встречается также на юге Сибири. Это подтверждает версию о происхождении из зоны активных русско-азиатских контактов. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких родственных гнёзд.

В написании стоит обратить внимание на букву «и» в корне: «Киргинцов», а не «Кыргынцов». Это отражает старую русскую передачу названия народа — «киргиз» (до 1920-х годов так называли и казахов, что могло добавить путаницы). Возможно, предок был не киргизом в современном понимании, а казахом, но в документах того времени различия не делали. Поэтому однозначно утверждать этническое происхождение предка нельзя — прозвище могло относиться и к казаху, и к собственно киргизу, и к русскому, перенявшему их черты.