Фамилия Киргинцев образована от прозвища Киргинец, которое восходит к топониму Киргинцево. Киргинцево — это название села, расположенного в Купинском районе Новосибирской области. Сам топоним, вероятно, восходит к киргизскому нарицательному «киргин», что в переводе на русский язык означает «половодье». Не исключено, что село располагается недалеко от водоема, реки. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Киргинец, со временем получил фамилию Киргинцев.