Фамилия Кирзинцев происходит от прозвища Кирза, а оно, в свою очередь, от существительного «кирза» — так в некоторых говорах называли верхний слой земли, почву. За этим прозвищем могло стоять сразу несколько бытовых характеристик. Самое прямое объяснение — маленький рост человека, которого как бы «прижало к земле». Второй вариант не менее житейский: прозвище могло указывать на жильё — землянку, то есть дом, вырытый в той самой кирзе. В таком случае Кирзой называли того, кто жил в землянке или часто имел с ней дело.

Модель образования фамилии — суффиксальная. К основе Кирз- добавили довольно редкий для русских фамилий суффикс -инц-, который характерен скорее для южнорусских и украинских земель. Обычно такие фамилии указывали на принадлежность к определённой местности или роду: Иванов — Иван, Кирзинцев — «сын Кирзы». Полное окончание -ев появилось позже, по аналогии с более частыми фамилиями на -ов/-ев, когда исходная форма Кирзинц превратилась в привычную Кирзинцев.

В написании фамилии возможна путаница: её легко спутать с фамилией Кирсанцев, образованной от имени Кирсан (греч. «золоторунный»), или с фамилиями от слова «кирза» в значении «грубая ткань» (кирзовые сапоги). Но в данном случае корень старше: он связан с землёй, а не с армейским обмундированием. Ономастических данных о распространённости фамилии немного, но логично предположить, что её носители происходят из регионов, где слово «кирза» в значении «почва» было в ходу — вероятно, из южных областей России или восточных районов Украины.