Фамилия Киршинцев — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. В ней сочетаются два словообразовательных элемента: суффикс принадлежности -ин- и фамильный суффикс -цев. Такая двойная конструкция встречается нечасто и обычно указывает на то, что фамилия формировалась в два этапа.

Основа фамилии — прозвище или имя Кирша. Это краткая форма от канонического имени Кирилл (в просторечии — Кирила, Киря). В русских говорах имя Кирилл нередко превращалось в Кирша: звук «ш» появлялся под влиянием народной этимологии или диалектного произношения. Встречается и версия, что Кирша — это самостоятельное прозвище, связанное с глаголом «киршить» (в некоторых говорах — «резать, рубить»), но она менее убедительна: имя Кирилл было широко распространено, и прозвищная форма от него куда естественнее.

Сначала от прозвища Кирша образовалось отчество Киршин — «сын Кирши». Затем, по модели, типичной для северных и центральных областей России, от отчества сделали фамилию с суффиксом -цев: Киршинцев — буквально «потомок Киршина». Такая модель характерна для фамилий, которые закреплялись в крестьянской среде в XVII–XVIII веках, когда отчества становились наследственными и получали дополнительный суффикс для указания на род.

Носители фамилии Киршинцев — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей из регионов, где была распространена форма Кирша (например, Вологодская, Архангельская, Костромская губернии). Встречается фамилия и в форме Киршинцов — с более редким окончанием -ов вместо -ев, что тоже вариант одной модели.

Корень фамилии легко спутать с тюркским словом «кирша» (вид ткани или кожа), но в русской ономастике связь с именем Кирилл — основная и документально подтверждённая. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования рассматриваются именно через уменьшительно-прозвищные формы крестильных имён.