Фамилия Киршиев — редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, а тюркское прозвище. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кирши́ев.

Корень «кирш» или «кирши» — это искажённое тюркское «кырш» (или «кырши»), которое в ряде тюркских языков означает «сорок» или же является вариантом имени Кирша. Самая правдоподобная версия: Киршиев — это русифицированная форма тюркского имени Кирша, распространённого у татар, башкир и других народов Поволжья. В свою очередь, имя Кирша — это, вероятно, адаптация арабского имени Куршид («солнце»), либо производное от числительного «кырк» (сорок), которое в тюркской традиции могло быть частью сложного имени (например, Кыркбай — «богатый, как сорок»).

Менее вероятна, но возможна связь с русским диалектным словом «кирша» — так в некоторых говорах называли глиняный кувшин или горшок. Если прозвище Кирша дали гончару или торговцу посудой, то фамилия могла возникнуть и на чисто русской почве, но это скорее исключение.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также к казачьим областям, где смешение культур было обычным делом. Предок Киршиевых мог быть крещёным татарином, башкиром или чувашом, чьё имя при записи в русские метрики получило стандартный фамильный суффикс.

Встречаются варианты написания Киршаев и Киршев — они возникали из-за путаницы при передаче мягкого звука «ш» на письме. Все эти формы восходят к одному корню и не меняют сути: фамилия указывает на человека по имени Кирша, которое в свою очередь пришло из тюркской ономастики и закрепилось в русской среде.