Фамилия Киргизова — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Киргиз. Слово «киргиз» (самоназвание — «кыргыз») — это этноним, то есть название народа. В древнетюркском языке слово «кыргыз» связывают с понятием «истребление» или «непобедимый», что отражало воинственный характер кочевых племен. Однако прозвище Киргиз в русской среде давали не по значению корня, а по внешнему или бытовому признаку: человека так могли назвать, если он был выходцем из киргизских степей, долго жил среди киргизов или даже просто походил на них чертами лица и одеждой.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Киргиз- добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Киргиза). Окончание -а в Киргизова говорит о том, что носительница — женщина. Мужской вариант — Киргизов. Такая модель особенно характерна для центральных и южных регионов России, где фиксировались контакты с кочевыми народами.

В отличие от многих фамилий, образованных от названий народов (например, Татаринов, Немцов), Киргизов встречается реже. Это объясняется тем, что вплоть до XIX века контакты русских крестьян с киргизами были ограничены в основном южным пограничьем (Оренбуржье, Сибирь). Поэтому фамилия часто указывает на конкретную географию предков — возможно, они жили в местах расселения киргиз-кайсаков (так тогда называли казахов) или служили в казачьих войсках на южных рубежах.

Прозвище Киргиз могло закрепиться и за человеком, который перенял кочевые привычки или одевался «по-киргизски», — в народе меткие прозвища часто давали по самым заметным чертам. Со временем это прозвище перешло в фамилию, и сейчас Киргизова — одна из тех фамилий, которые хранят память о пестром этническом составе русского населения.