Фамилия Киргизовы (чаще встречается в форме Киргизов) образована от прозвища Киргиз. В основе лежит этноним — название народа. Киргизы (самоназвание «кыргыз») — тюркоязычный народ, основное население Киргизии. Само слово «кыргыз» имеет несколько версий происхождения; по одной из них, оно восходит к тюркскому корню со значением «истребление», но в народной этимологии его часто связывали с «кырк кыз» — «сорок девушек».

Прозвище Киргиз в русской среде XVI–XVII веков давали не только по национальной принадлежности. Так могли назвать человека, который долго жил среди киргизов, перенял их обычаи или внешне напоминал степняка. Встречались также случаи, когда прозвище закреплялось за служилыми людьми, участвовавшими в походах в киргизские земли.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Киргиз- добавился патронимический суффикс -ов, означающий «сын Киргиза» или «из рода Киргизовых». Такая модель — самая распространённая в центральной и северной России.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно, но наиболее ранние письменные упоминания относятся к XVII веку. В документах встречаются как служилые люди с этой фамилией, так и крестьяне. Например, в переписных книгах Казанского уезда за 1646 год упомянут «Ивашко Киргизов» — это один из ранних задокументированных случаев.

Фамилия Киргизов — не единственная, образованная от этнонима «киргиз». В русском ономастиконе есть и Киргизский, и Киргизцев, и Киргизовский — все они могли возникать независимо в разных регионах. Но форма на -ов встречается чаще других и указывает на то, что основатель рода носил прозвище, а не топонимическую или сословную характеристику.