Фамилия Кирмель — редкая и неоднозначная по происхождению. Скорее всего, её основа — прозвище, и у него есть несколько версий, разной степени убедительности.

Наиболее вероятная связь — с польским прилагательным kirmėlinis, то есть «червеобразный». Такое прозвище могли дать человеку из-за внешности: высокому, очень худому или, наоборот, отличающемуся необычной гибкостью. Основание для этого корня — реальная польская лексика, что даёт версии вес.

Менее очевидная, но тоже возможная гипотеза отсылает к эстонскому слову kirme — «корочка, налёт, плёнка». В этом случае прозвище могло указывать на социальное положение или бытовые привычки. Например, так могли назвать человека, который вынужден есть несвежую, покрытую плёнкой пищу. Версия правдоподобна для регионов бывшего соприкосновения прибалтийских и славянских языков.

Самой слабой выглядит гипотеза о немецком Kirmes («ярмарка, народные гулянья»). Она предполагает, что предок Кирмель работал на ярмарках, но фонетически переход «Кирмес» в «Кирмель» неочевиден и требует дополнительных допущений.

Фамилия образована с помощью типичного для западных славян суффикса -ель, который в польской и белорусской традиции часто оформлял прозвища (ср. Кашель, Сопель). Это указывает, что искать корни фамилии стоит скорее в западных или юго-западных регионах бывшей Речи Посполитой, а не в центральной России.