Фамилия Кишаковская образована от названия населенного пункта Кишаково. В России есть две деревни с таким названием – в Псковской и Ярославской областях. Сам топоним, вероятнее всего, ведет начало от украинского слова «киш» - «стоянка кочевников или казаков». Не исключено также, что название может быть связано с прусским слово kisses – «шуба, кожух». Таким образом, вполне вероятно, что основатель рода Кишаковских родился и жил в одном из этих мест.