Фамилия Кишакина образована от мужского прозвища или имени Кишака с помощью притяжательного суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кишакин, то есть сын или потомок Кишаки. Сама основа Кишака — это, скорее всего, прозвище, а не крестильное имя. В русских говорах, особенно в южных и западных областях, слово «кишака» могло означать «кишка», «внутренности» или «живот» — в переносном смысле так могли назвать человека плотного телосложения или, наоборот, худого и высокого. Есть и другая версия: в диалектах «кишака» — это «кот», «кошка» (от общеславянского «кышь» — подзывание кошки). Тогда прозвище Кишака мог получить человек с кошачьими повадками, живущий сам по себе или имеющий приметную внешность.

Словообразовательный тип фамилии — самый распространённый в русской ономастике: суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я. Это типично для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин указывает на более древний пласт прозвищной лексики. Если предположить, что основа восходит к «кишка», то фамилия попадает в гнездо однокоренных «анатомических» прозвищ (Кишкин, Кишков), но с уменьшительным суффиксом -ак, который придавал прозвищу бытовой, даже несколько грубоватый оттенок.

Географически фамилия Кишакина редкая. Она встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Воронежской и Ростовской областях. Там же фиксируются и варианты с ударением на второй слог — Кишака́, что подтверждает диалектное происхождение. В других славянских языках аналогов почти нет, что говорит о локальном характере прозвища. В дореволюционных переписях носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому сословию, но точных данных о сословной принадлежности нет. Фамилия не дворянская и не купеческая — её не встретить в родословных книгах.

С точки зрения современного носителя, фамилия звучит необычно, но её этимология прозрачна: она прямо указывает на прозвище предка. Если сравнить её с однокоренными Кишаев, Кишенин, то Кишакина выделяется редким суффиксом -ак, который чаще встречается в украинских и белорусских фамилиях (Кишак, Кишаченко). Это может говорить о смешанном русско-украинском пограничье как о возможной родине фамилии.