Фамилия Кишаева — женская форма фамилии Кишаев, и её разумнее всего рассматривать именно через мужской вариант. Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Кишай. Скорее всего, оно восходит к тюркскому слову «киш» или «кыш» — зима. В таком случае Кишаем могли прозвать ребёнка, родившегося в зимнюю стужу, или же человека с «холодным», сдержанным характером. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, такие имена-обереги были распространены: считалось, что имя, связанное с суровой стихией, отпугивает злых духов и делает ребёнка выносливым.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев (фонетический вариант -ов) указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Кишая» или «внук Кишая». С точки зрения географии, фамилия Кишаев (и Кишаева) тяготеет к Поволжью и Приуралью, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы. Встречается она и у мордвы-эрзи, у которой тоже есть свои варианты имён с корнем «киш». В русских переписных книгах XVI–XVII веков фиксировались прозвища Киша, Кишко, но фамилия Кишаев — более поздняя и редкая, что говорит о её локальном бытовании.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от диалектного глагола «кишать» (кишеть) — в значении «толпиться, копошиться». В этом случае прозвище Кишай могли дать суетливому, непоседливому человеку. Но эта гипотеза слабее, так как глагол «кишеть» обычно не образует личных имён в русской традиции, в отличие от тюркских корней, которые охотно становились основами для прозвищ.

Таким образом, предки носительницы фамилии Кишаева с высокой вероятностью были выходцами из смешанных русско-татарских или мордовских земель, а их родоначальник носил прозвище Кишай — «зимний» или «холодный».