Фамилия Кишиктеев — случай, когда географический ключ важнее, чем прозрачная этимология. Сразу бросается в глаза, что фамилия не вписывается в стандартные славянские модели на -ов/-ев, -ин, -ский. Суффикс -еев указывает на тюркское происхождение: в татарских, башкирских, казахских фамилиях он оформляет притяжательное значение («сын такого-то»). Основа «Кишикт» здесь, скорее всего, не имя, а прозвище или топоним.

Самый вероятный корень — тюркское слово «кишик» или «кешик», которое в разных диалектах означает «маленький», «младший» или «детёныш» (сравните с казахским «кіші» — младший). В таком случае Кишиктеев — «сын Кишика», то есть человека, которого прозвали за маленький рост, юный возраст или положение младшего в роду. Вариант с «кишик» как «козлёнок» (от «кешік» в некоторых тюркских языках) тоже возможен, но менее убедителен: прозвища по детёнышам животных встречаются реже, чем по возрасту.

География фамилии подсказывает, что искать её носителей стоит в Поволжье и на Южном Урале — среди татар, башкир или казахов. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не встречается, что говорит о её позднем оформлении: скорее всего, она закрепилась в XIX веке при массовой паспортизации, когда тюркские родовые прозвания записывали на русский лад с суффиксом -еев. Интересная деталь: в некоторых записях фамилия может писаться через «ы» — Кышиктеев, что отражает особенности произношения в тюркских диалектах, где звук «и» ближе к «ы».

Сословная принадлежность предков Кишиктеевых, скорее всего, была крестьянской или казачьей — в среде татарских и башкирских служилых людей и земледельцев фамилии такого типа встречаются особенно часто. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. Однофамильцев по всей России немного, что делает фамилию редкой и локальной.