Фамилия Кишиев звучит нехарактерно для центральной России: её выдают суффикс и корень. Если бы фамилия была великорусской, она скорее всего оканчивалась бы на -ов или -ин, но -ев здесь указывает на тюркское или кавказское происхождение. В русской традиции суффикс -ев присоединяют к основам на мягкий согласный или на -й, однако в данном случае он мог закрепиться через адаптацию иноязычной фамилии при записи в документах.

Скорее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Киши. В тюркских языках (кумыкском, ногайском, карачаево-балкарском) слово «киши» означает «человек», «мужчина». Прозвище Киши могли дать как уважительное обращение — «настоящий мужчина», «глава», или, наоборот, как указание на происхождение: «человек из такого-то рода». В осетинском языке «киш» или «кыс» имеет другое значение, но для фамилии Кишиев более вероятна тюркская версия.

Фамилия распространена среди народов Северного Кавказа, особенно у кумыков и балкарцев. Встречается также у чеченцев и ингушей, но там она, как правило, образована от местных имен с тем же корнем. В русских метрических книгах XIX века Кишиевых почти нет — фамилия не попала в центральные губернии, что подтверждает её региональный характер.

Вторая, менее вероятная версия — связь с арабским именем Киши (уменьшительное от Киша, вариант имени Иса или Юсуф). Но в таком случае фамилия должна была бы встречаться шире, в том числе у татар, а этого не наблюдается. Поэтому основная гипотеза — прозвищное имя от тюркского «киши» с последующей русификацией через суффикс -ев.

Носители фамилии Кишиев сегодня — это в основном потомки горских народов, чьи предки получили фамилию по отцу или деду, которого в ауле знали как Киши. Фамилия недвусмысленно указывает на регион и этническую принадлежность, а её корень — на социальную роль или личное качество предка.