Фамилия Киширова — женская форма фамилии Киширов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа фамилии — «Кишир» — звучит нехарактерно для славянских корней, и это сразу указывает на тюркское или кавказское происхождение. Скорее всего, в основе лежит тюркское слово «кишир» или близкое к нему, которое может означать «морковь» (в некоторых тюркских языках, например, в татарском и башкирском, «кишер» — это морковь). Такое прозвище могли дать человеку по цвету волос (рыжеватому, похожему на морковь) или по роду занятий — огороднику, торговавшему овощами. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «киши» (человек, мужчина) с добавлением аффикса -р, что давало бы значение «мужественный», но эта версия слабее, так как суффикс -р в такой роли не типичен для личных имён.

Суффикс -ов в фамилии Киширов — стандартный русский патронимический формант, который добавлялся к иноязычным основам при адаптации фамилий в русской среде. В XIX–XX веках многие тюркские и кавказские фамилии получали русские суффиксы при переходе в официальные документы. Таким образом, фамилия Киширова (и её мужская пара) — результат смешения тюркского корня и славянской модели. Носители фамилии, скорее всего, происходят из регионов Поволжья (Татарстан, Башкортостан) или Северного Кавказа, где были распространены такие прозвища, а затем фамилии.

Географически фамилия Киширова встречается нечасто, и её ареал в основном привязан к югу России и Уралу. Встречаются варианты написания с одной «ш» (Кишеров), но форма с «и» в корне более устойчива. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла записываться как Кишировъ, что подтверждает её позднюю фиксацию — не ранее XVIII века, когда началась массовая паспортизация крестьян и инородцев. Сословно предки Кишировых могли быть государственными крестьянами или казаками, реже — мещанами; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.