Фамилия Кишилев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается не славянское прозвище, а географическое имя с западноевропейскими корнями. В основе фамилии лежит прозвище Кишиль (или Кишель, в немецкой передаче Kischel), которое, скорее всего, указывало на выходца из конкретного места.

Речь идет о топониме Chýše — так называется местечко в Богемии (историческая область Чехии). В немецком варианте оно звучало как Chiesch, а в славянском произношении легко превращалось в «Кишиль». Именно здесь находится старинный замок Хише, первое упоминание о котором относится к 1169 году. Согласно хроникам, замок был родовым владением Одолена, сына Стржеза, сопровождавшего короля Владислава в походе на Милан в 1158 году.

Таким образом, прозвище Кишиль давали человеку, который переселился из этого богемского местечка в другие земли. В русской языковой среде прозвище оформилось по привычной модели: к основе «Кишиль» добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — «Кишилев сын»). Со временем форма закрепилась как фамилия.

Суффикс -ев (а не -ов) подсказывает, что исходное прозвище оканчивалось на мягкий согласный или на -ь: Кишиль → Кишилев. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён. Если бы основой было имя Кирилл, мы бы увидели форму Кириллов.

Фамилия редкая и локальная. Встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, что косвенно подтверждает версию о переселении выходцев из Чехии через Польшу и западные земли. Другие возможные объяснения — от диалектного «кишиль» (вялый, медлительный человек) или от тюркского корня — менее убедительны, так как не подтверждаются ни географией бытования фамилии, ни историческими документами.